セキュリティ関連の対策もされたようなので、Nucleusを3.15にアップグレードしました。
通常動作に問題は無し。しかし、なぜかadminメニューが文字化けしてしまう(._.;)/|

->とりあえず解決。
~/nucleus/languageディレクトリに、
japanase-euc-jp.php
japanese-euc.php
と、なぜかlanguageファイルが二つあった。
調べてみると、-eucの方が新しいものだったので、-euc-jpを退避して、-eucを-euc-jpにリネームすると正常に表示できた。